蒙醫藥是蒙古族豐富的文化遺產中的一顆明珠，其歷史源遠流長，蒙醫藥的發展是以居住在蒙古高原為中心地帶的北方少數民族，在長期的生產、生活歷史過程中，同自然和疾病的斗爭中所積累起來的用藥經驗之結晶。

        公元7世紀以前，蒙古族的祖先常年在遼闊的草原上過著逐水草而游牧、狩獵的生活。在與自然界的各種動物、植物、溫泉、礦泉、礦物等廣泛的接觸之中，逐步發現了能夠醫治疾病的藥用動、植、礦物，并將之反復應用于各種疾病的治療，隨著知識與經驗的積累出現了適應當時社會生活條件的蒙古醫藥知識。

        公元10世紀末至公元16世紀末是蒙藥學的形成時期。公元10世紀末，蒙古各部落逐漸強盛起來，隨著成吉思汗統一蒙古進入封建社會，蒙古民族與國內各民族文化交流和中西文化交流很頻繁，蒙醫藥的理論及市場也有了較大的進展，蒙古族醫生用的藥物品種也日益增多，藥物知識更加豐富，藥物理論也逐漸產生。

        16世紀以后，隨著蒙古經濟文化的發展，原來的口授相傳逐漸發展成文字記載，因而出現了不少蒙醫藥著作，這一時期的蒙醫藥學具備了完整的理論體系，而且積累了極為寶貴的臨床經驗和豐碩的學術成果，對繼承發展蒙醫藥學知識起了積極作用。

        19世紀，蒙醫藥學發展到一個新的階段，先后涌現出許多醫藥學家和蒙醫藥學專著：如蒙醫藥學家占布拉道爾吉撰寫的《蒙藥正典》等，這些著作的出版使蒙醫藥學日趨完善，逐步形成了具有鮮明北方民族醫藥特點和地域特點的近代蒙藥學。

        建國以來，黨和國家非常重視民族醫藥的發展，制定了很多繼承蒙醫藥事業的政策，采取了一系列有利于蒙醫藥事業的措施，利用現代科學的先進手段和方法，對蒙藥特有的藥物，傳統單方、驗方進行藥理作用，化學成分的分析、研究、提取有效成分制成各種劑型的藥物，發揮民族藥的特色，為民族藥的發展辟出了新路。